Садржај
Зашто причамо о епидемији?
Увод
Епидемија кроз историју
Бактерије, вируси и протисти
Одговор домаћина на улазак бактерија и вируса
Епидемија и бројеви
Превентивне мере
Експоненцијални раст
Колективни имунитет
Поглед у податке
Уз помоћ рачунара
Опште стање здравља, отпорност огранизма и подложност инфекцији
Да закључимо
Евалуација
И мало програмирања¶
За све графиконе и обраде података који су приказани у претходним лекцијама коришћен је програмски језик Python и окружење за интерактивна израчунавања Jupyter.
За анимације графика функција смо користили програмски језик Python и пакет Manim. Овај курс неће обухватити коришћење пакета Manim, а ако те занима да се упознаш са тим пакетом, можеш погледати https://github.com/3b1b/manim.
За тебе смо припремили неколико Jupyter радних свески у којима имаш и објашњења и Python скриптове које можеш да извршава и модификујеш.
У објашњењима се налазе математичке формуле које се примењују касније у Python скриптовима. Не мораш да разумеш како се долази до тих формула, концентиши се на то како је формула имплементирана у скипту и на основу ње направљен график функције.
Коришћење Jupyter окружења¶
Уколико си нестрпљив, Jupyter радне свеске које су део овог курса можеш прелистати овде.
Уколико се до сада ниси сусретао/сусретала са Jupyter окружењем, препоручујемо да претходно прођеш курс Анализа података у Џупитеру и технике програмирања за други разред гимназије
Уколико не желиш да инсталираш Jupyter на свом рачунару, радне свеске можеш интерактивно користити путем бесплатног Binder сервиса.
Када користиш Binder треба да знаш да ти промене неће бити трајно сачуване, али ти може послужити да нешто кратко испробаш.
Уколико желиш да радне свеске користиш на сопственом рачунару, припремили смо ти једноставан начин да инсталираш окружење на оперативном систему Windows:
потребно је да на свом рачунару имаш инсталиран Python у некој од верзија 3.6 до 3.9 (стандардна исталација са сајта https://www.python.org/)
преузми https://github.com/Petlja/epidemija-racunanja/archive/master.zip и распакуј ZIP у фолдер у коме ћеш радити
отвори тај фолдер у File Exlporeru и изврши датотеку SETUP.BAT двокликом на име датотеке (потребно је да у том тренутку будеш повезан на интернет)
након што сачекаш да се заврши конфигурација и добијеш поруку да је успешна, у твом фолдеру ћеш приметити нове ставке:
датотеку START_JUPYTER.BAT којом покрећеш Јуpyter, а кад покренеш Јуpyter онда прво отвори свеску index.ipynb
пречицу START_IDLE ако желиш нешто да користиш Python без Јуpyter-а
Модел из лекције о утицају колективног имунитета¶
Епидемиолошки модел чија је конструкција описана у лекцији о утицају колективног имунитета имплементиран је у радној свесци model-RTN.ipynb. У радној свесци се налазе и сва потребна објашњења.
Криве логистичког модела¶
Криве логистичног модела су цртане у радној свесци logisticka-funkcija.ipynb. У радној свесци је додатно описана и пратећа математика.
Анализа епидемиолошких података¶
Ако желиш да научиш како можеш да правиш сличне анализе и графиконе као у лекцији „Поглед у податке”, погледај радну свеску covid-analize.ipynb.
Додатак – епидемиолошки модел SIR¶
SIR је један од често навођених епидемиолошких модела у литератури. Њега смо, као додатак, описали у радној свесци model-SIR.ipynb.